בשנת 2003 מינה מר ניר גלעד, החשב הכללי דאז, ועדה בין משרדית למיסוד תחום הקניין הרוחני במשרדי ממשלה. הוועדה החליטה על מיסוד הקניין הרוחני במשרדי הממשלה "מלמטה", כלומר במערכות המרכזיות בממשלה שבהם קיים או צפוי להיות פוטנציאל גדול יחסית להיווצרות של קניין רוחני, על ידי קביעת כללים מנחים. המערכות המרכזיות בהם ימוסד הקניין הן: החקלאות, הבריאות והביטחון.

מערכת החקלאות
במינהל המחקר החקלאי (יחידת סמך במשרד החקלאות) קיימת תשתית ארגונית למסחור תוצרי ידע. מסחור הידע נעשה על ידי יחידת קידום - יחידה פנימית במינהל המחקר החקלאי שהוקמה לשם כך. במהלך שנת 2004 אישר החשב הכללי, בתיאום אגפים אחרים במשרד האוצר, הפעלת מודל ניסיוני לתגמול צוות החוקרים בגין מסחור תוצרי הידע. בשלב הבא ימוסד הדיווח והרישום של נכסי הקניין הרוחני במערכת זו.

מערכת הביטחון
החשב הכללי ומשרד הביטחון הקימו צוות משותף לגיבוש התפיסה למיסוד הקניין הרוחני במערכת הביטחון. הצוות טרם גיבש את מסקנותיו והוא צפוי לסיים את עבודתו במהלך שנת 2006.

מערכת הבריאות
החשב הכללי גיבש מודל להסדרת תחום הקניין הרוחני במערכת הבריאות הממשלתית, על פי העקרונות המרכזיים הבאים:
• מיסוד המחקר בבתי החולים הממשלתיים במסגרת תאגידי הבריאות
• מתן אפשרות לתאגידי הבריאות לפעול בשם המדינה לצורך קידום הקניין הרוחני שנוצר במחקרים אלו, לרבות רישום פטנטים על הקניין הרוחני שנוצר
• מתן חופש פעולה לתאגידי הבריאות לפעול לקידומם המדעי והמסחרי של תוצרי הקניין הרוחני, תוך עמידה במגבלות מסוימות
• קיום הפרדה חשבונאית תקציבית בין הפעילות המחקרית במסגרת תאגידי הבריאות לבין הפעילות הרפואית של בתי החולים
• מתן תמריץ ליישום המעשי והמסחרי של ידע וטכנולוגיות שנוצרים בקרב בתי החולים הממשלתיים, על ידי מתן אפשרות לתגמול הולם לצוותי החוקרים וייעוד חלק מההכנסות העתידיות שיתקבלו בגין המסחור לטובת קידום מחקרים נוספים
• ביצוע מעקב ובקרה אחר יישום העקרונות המוצעים לתקופה של חמש שנים, שלאחריה יוחלט על המשך מדיניות הממשלה בתחום הקניין הרוחני במערכת הבריאות

בתאריך 9.8.2005 התקבלה על בסיס עבודת הוועדה הבינמשרדית החלטת ממשלה מספר 4150 בעניין הסדרת הקניין הרוחני במערכת הבריאות הממשלתית. בתקופה הקרובה יפעל החשב הכללי לכתיבת הוראת תכ"ם (תקנון כספים ומשק) בעניין זה ולשינוי תואם של תקנות תאגידי הבריאות במידת הצורך.