יחידת ניהול החוב הממשלתי בחשב הכללי אחראית על ניהול מצבת החוב הקיים ועל גיוסי החוב השוטפים לצורך מימון פעילות הממשלה. תפקידיה העיקריים של היחידה הם:
· הנפקת איגרות חוב ולקיחת מלוות שונים בארץ ובחו"ל,
· ייזום וקידום שינויים מבניים בשוק ההון המקומי ושכלול שוק איגרות החוב המשני בפרט
· לימוד ומעקב שוטף אחר מצב השווקים הבינלאומיים ושמירת הקשר עם חברות דירוג האשראי
 הבינלאומיות, בנקים להשקעות ומשקיעים זרים.

היחידה הוקמה בשנת 2002 בעקבות מיזוג מחלקת עסקאות מט"ח בחשב הכללי עם חלק ממחלקת שוק
ההון באגף שוק ההון, ביטוח וחיסכון. הקמתה של יחידת ניהול החוב בחשב הכללי, האחראי על ביצוע
תקציב המדינה, וריכוז כל הגורמים המקצועיים והידע הרב שנצבר תחת קורת גג אחת הביאה לתיאום
טוב יותר בין כל הגורמים הרלוונטיים ולניהול נכון יותר של החוב הממשלתי. הקמת היחידה מבוססת על
הניסיון המוצלח במדינות שונות ועל המלצת קרן המטבע העולמית (IMF) והארגון לשיתוף פעולה כלכלי
ופיתוח (OECD).

יחידת ניהול החוב מורכבת מחמש מחלקות על פי תחומי הפעילות העיקריים:
1. מחלקת ניהול החוב המקומי והנפקות 
2. מחלקת ניהול החוב החיצוני ועסקאות מט "ח
3. מחלקת ניהול סיכונים
4. מחלקת תקבולים ותשלומים
5. מחלקת בקרת מסחר והשאלות

1. מחלקת ניהול החוב המקומי והנפקות

מחלקת ניהול החוב המקומי והנפקות אחראית על מדיניות ההנפקות של איגרות החוב של ממשלת ישראל בשוק המקומי, ניהול ובקרה של החוב המקומי, ייזום וביצוע של פעולות להגברת הסחירות והנזילות של איגרות החוב הממשלתיות ושכלול שוק האג"ח המקומי.

בנוסף אחראית המחלקה על ניהול מכרזי איגרות החוב הסחירות לגופים המורשים להשתתף בהנפקות (באמצעות מערכת Bloomberg) ובאמצעותם – לציבור הרחב, על בחינת עמידת עושי השוק הראשיים בהתחייבויותיהם, על ניהול הקשר השוטף עם כל הגופים השותפים לתהליך ההנפקה ועל פרסום דירוג עושי השוק הראשיים ע"פ פעילותם בשוק הראשוני.

כמו כן עוסקת המחלקה בניהול תזרים המזומנים הממשלתי.  

2 .מחלקת ניהול החוב החיצוני ועסקאות מט "ח

מחלקת ניהול החוב החיצוני ועסקאות מט "ח אחראית על ביצוע ההנפקות בחו "ל, קשר עם חברות הדירוג הבינלאומיות, מעקב אחר השווקים הבינלאומיים ולימוד שווקים חדשים, טיפול בסיוע האזרחי מארה"ב, עסקאות מט "ח של הממשלה ורפרנטורה לנציגות משרד האוצר בניו יורק.

3 .מחלקת ניהול סיכונים

מחלקת ניהול סיכונים אחראית על אומדן הסיכונים הנוגעים לניהול החוב, על איתור דרכי הפעולה להקטנת עלויות החוב ועל תמחור עסקאות ספציפיות של משרד האוצר. כמו כן, משמשת המחלקה רפרנטית לניהול סיכונים בתחומים אחרים עליהם אחראי החשב הכללי, כדוגמת פרויקטים בשיתוף המגזר הפרטי.

 4 .מחלקת תקבולים ותשלומים (Back Office)

פעילות המחלקה כוללת הנפקות של אג"ח ממשלתיות לא סחירות (תהליך המתבצע ישירות מול קרנות הפנסיה הזכאיות לרכוש אג"ח לא סחירות), טיפול בתקבולים ובתשלומים של אג"ח ממשלתיות (סחירות ולא סחירות). טיפול בתהליכי התשלומים והתקבולים של עסקאות מט"ח. טיפול באמיסיות ובפיקדונות חוב שונים.
לשם ביצוע עבודתה מקיימת המחלקה ממשקים עם גורמים במשרד האוצר, עם הבורסה לני"ע בת"א ועם בנק ישראל. המחלקה דואגת לענות לכל פניות הציבור (מהארץ ומחו"ל) בכל הנושאים הקשורים לחוב הממשלתי.

  5 .מחלקת בקרת מסחר והשאלות

המחלקה מפקחת על פעילות עושי השוק השונים במערכת MTS בהתאם למחויבויות אשר נקבעו. המחלקה הקימה בשיתוף הבורסה לני"ע את מאגר ההשאלות של אג"ח בעבור עושי השוק והיא אחראית על פעילות ההשאלות והביטחונות הנדרשים מעושי השוק, התפעול של המערכת מבוצע ע"י מסלקת הבורסה.
כמו כן, המחלקה מפרסמת את דירוג עושי השוק הראשיים ע"פ פעילותם במערכת MTS, ברמה חודשית כל עש"ר מקבל את מקומו וברמה רבעונית פרסום הדירוג לכלל הציבור.