יחידת ניהול החוב הממשלתי בחשב הכללי אחראית על ניהול מצבת החוב הקיים ועל גיוסי החוב השוטפים לצורך מימון פעילות הממשלה. תפקידיה העיקריים של היחידה הם:
· הנפקת איגרות חוב ולקיחת מלוות שונים בארץ ובחו"ל,
· ייזום וקידום שינויים מבניים בשוק ההון המקומי ושכלול שוק איגרות החוב המשני בפרט
· לימוד ומעקב שוטף אחר מצב השווקים הבינלאומיים ושמירת הקשר עם חברות דירוג האשראי
· הבינלאומיות, בנקים להשקעות ומשקיעים זרים.

היחידה הוקמה בשנת 2002 בעקבות מיזוג מחלקת עסקאות מט"ח בחשב הכללי עם חלק ממחלקת שוק
ההון באגף שוק ההון, ביטוח וחיסכון. הקמתה של יחידת ניהול החוב בחשב הכללי, האחראי על ביצוע
תקציב המדינה, וריכוז כל הגורמים המקצועיים והידע הרב שנצבר תחת קורת גג אחת הביאה לתיאום
טוב יותר בין כל הגורמים הרלוונטיים ולניהול נכון יותר של החוב הממשלתי. הקמת היחידה מבוססת על
הניסיון המוצלח במדינות שונות ועל המלצת קרן המטבע העולמית (IMF) והארגון לשיתוף פעולה כלכלי
ופיתוח (OECD).

יחידת ניהול החוב מורכבת משלוש מחלקות על פי תחומי הפעילות העיקריים:
1. מחלקת ניהול חוב מקומי
2. מחלקת ניהול חוב חיצוני ועסקאות מט "ח
3. מחלקת ניהול סיכונים

1. מחלקת ניהול חוב מקומי
מחלקת ניהול החוב המקומי אחראית על התחומים הבאים:
· הנפקת איגרות החוב של ממשלת ישראל  בשוק המקומי.
· ניהול דינאמי של מצבת החוב המקומי הסחיר (קביעת מכשירי הגיוס, זמן פירעון החוב וסוג ההצמדה).
· טיפול בחוב המקומי הלא סחיר.
· פעילות התשלומים והתקבולים בגין אג"ח ממשלתיות (back office).
· ביצוע פעולות להגברת הסחירות והנזילות של איגרות החוב הממשלתיות.
· שכלול שוק איגרות החוב המקומי, לרבות ייזום שינויים מבניים בשוק ההון, כגון הכנסת עושי שוק לשוק איגרות החוב הממשלתיות בישראל.

2 .מחלקת ניהול חוב חיצוני ועסקאות מט "ח
מחלקת ניהול החוב החיצוני ועסקאות מט "ח אחראית על התחומים הבאים:
· ביצוע ההנפקות בחו "ל (בחירת שוקי היעד, עיתוי ההנפקה, היקפה, מציאת חתמים והכנת חומר משפטי ושיווקי).
· קשר עם חברות הדירוג הבינלאומיות ומעקב אחר השווקים הבינלאומיים ולימוד שווקים חדשים.
· טיפול בסיוע האזרחי מארה"ב ועל נושאים נוספים הכרוכים בעסקאות מט "ח של הממשלה.
· כמו כן, המחלקה משמשת כרפרנטורה לנציגות משרד האוצר בניו יורק.

ג .מחלקת ניהול סיכונים
מחלקת ניהול סיכונים אחראית על התחומים הבאים:
· גיבוש אסטרטגיה לניהול החוב הממשלתי באמצעות פיתוח ושימוש במודלים שונים.
· תמחור עסקאות פיננסיות שונות.
· אמידת החזרי הריבית והקרן העתידיים.
· פיתוח מודלים לתמחור ולבקרת אשראי בתחום ערבויות מדינה.
· סיוע בסוגיות פיננסיות שונות בפרויקטים של תשתיות בשיתוף הסקטור הפרטי .