מטה השכר בחשב הכללי אחראי על מכלול הפעילויות הקשורות בביצוע תשלומי שכר בשירות המדינה, לרבות שכר שליחים בחו"ל, וכן מבצע בקרה ופיקוח על ביצוע תקציב השכר.
במסגרת תפקידו, אחראי מטה השכר על התחומים הבאים:
• מפקח על קניית שירותי כוח אדם בשירות המדינה וכן קובע נהלי עבודה מול נותני שירותים חיצוניים ועדכון תעריפיהם.
• מטפל במכלול הפעילויות הקשורות לתנאי השירות של עובדי המדינה, ובכללם נושא הפנסיה והגמלאות. במסגרת אחריות זו מטפל המטה ברמה הביצועית מול קרנות הפנסיה השונות, קופות הגמל וקרנות ההשתלמות ואחראי על הפקדות המעסיקים והעובדים לקרנות השונות.
• אחראי ברמה הניהולית על ביצוע הערכת החבות האקטוארית של הממשלה בגין קצבה של העובדים והגמלאים של הממשלה.
• בנושא ניהול מכרזי חשכ"ל, מטה השכר אחראי על מכרזים מרכזיים בתחום תנאי השירות כגון: ביטוח רכב פרטי ונסיעות בתפקיד לחו"ל.
• מעדכן את נתוני השכר ותשלומים נלווים לעובדי וגמלאי המדינה, מעדכן את חברת מלם מערכות בע"מ בשינויי השכר ושינויים קיבוציים הנחתמים ביחידה לשכר וכן מעדכן אותם בהסכמי עבודה באוצר ובהוראות התקשי"ר. בנוסף, מטה השכר מנחה את חשבי השכר בכל נושאי השכר ותנאי שירות, נותן הסברים ומשיב על פניות המשרדים בבעיות הקשורות בנושא שכר ותשלומים נלווים.
• עומד בקשר שוטף עם המוסד לביטוח לאומי ונציבות מס הכנסה בנושאים הקשורים בשינויים ובתיקוני חקיקה.
• מקשר ומתאם עם מרכז סליקה בנקאי בנושא זיכויי משכורת ומקדמות לעובדי וגמלאי המדינה. כמו כן, מבצע מטה השכר מדי חודש פעולות בהנהלת החשבונות המרכזית בחשב הכללי, מנפיק דוח תקציבי ופועל להעברות מרוכזות למוטבים השונים: מס הכנסה , מס שכר, דמי ביטוח לאומי, דמי ביטוח בריאות וניכויי יהב הנגבים משכר העובדים והגמלאים של המדינה ומועברים באמצעות בנק יהב למוטבים השונים.
